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新疆医科大学和新乡医学院均为医学类独立建制的高校，在各自的其余影响均较大的名气。两所高校也均是以医学类为特色，将两所高校放在一起比较，根据两所高校的综合名气、学科优势分析，新疆医科大学在这方面优势比较突出。从录取分数线来看，2017年以前，新疆大学录取分数比新乡医学院要高，2018年开始，新乡医学院的分数相对较高。个人认为如果在新疆或者河南发展，可以考虑当地的高校。
新疆医科大学坐落于新疆乌鲁木齐，目前属于新疆的省属重点大学、省部共建高校，目前由中山大学、复旦大学、中南大学、北京中医药大学、中国药科大学等对接支援。新疆医科大学前身为新疆医学院，创建于1954年，1998年新疆医学院和新建中医学院合并为新疆医科大学。学校占地1300余亩，本科专业23个，专科专业22个，在校学生22000余人，拥有6所附属医院。目前拥有专科、本科、硕士、博士培养。
新乡医学院地处新乡，属于河南省省属本科院校，新乡医学院的医学教育开始于1922年惠民医院护士学校，经过多年的发展，1982年升级为本科院校，更名为新乡医学院，1998年获得硕士学位。学校占地1744亩，在校学生为18500人，本科专业29个，目前拥有5所直属医院。
新疆医科大学拥有11个省级重点学科，其中高峰学科2个，高原学科4个。5个一级学科博士点（基础医学、中西医结合、公共卫生与预防、药学、临床医学），2个专业学位博士点，10个一级学科硕士点，3个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。临床医学在ESI世界学科排名进入前1%。
教育部第四轮学科评估中，新疆医科大学的药学被评为B-，临床医学被评为C+，中西医结合、公共卫生与预防医学为C，基础医学和护理学被评为C-。
新乡医学院目前拥有博士后科研工作站2个，一级学科硕士点10个，河南省特色学科1个，省级重点学科8个。在专业方面拥有国家级特色专业4个。临床医学在ESI世界排名中进入前1%。
教育部第四轮学科评估中，基础医学、临床医学被评为C，药学评为C-。
从学科优势上分析，从一级学科博士点数量上就不难看出，新疆医科大学实力更强，在从教育部第四轮学科评估结果进一步验证了新疆医科大学的实力。
肯定新疆医科大要强，不论综合实力还是专科实力，新疆医科大都要强，不过还是要选择专业，本人指的是临床医学，比如麻醉学的话B 类院校里面西南医科大也就是曾经的泸州医学院比较好，所以专业很重要。如果学医的话本人推荐，麻醉活着口腔，其次再是临床吧！
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